1、先天性阴茎发育不良、尿道下裂、尿道上裂、先天性无睾或睾丸发育不良、隐睾、睾丸附睾分离及精囊、前列腺发育不良等，都是导致男性不育的先天性畸形疾病。

　　2、性功能障碍中，阳萎约占10％，多数为精神性阳萎，部分病例由神经和血管的病理改变引起。射精障碍虽为数不多，但与不育的关系更为密切，包括射精无能和逆行射精。

　　3、内分泌因素所致的少精症和无精症，主要是下丘脑—垂体—睾丸性腺轴系统功能障碍所致，也可由肾上腺、甲状腺疾病引起睾丸生精功能障碍。男性不育中，因细胞遗传异常所致者占2～21％。免疫学因素在近年来已受到重视，目前认为在正常情况下，精子表面的多种抗原物质，由于血睾屏障的封闭作用，精子不会暴露于免疫系统，当生殖系统发生损伤或感染时，血睾屏障被破坏，可产生抗精子抗体，导致不育。