肛瘘常见的原因有以下几种：

　　1、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。

　　2、肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。

　　3、管道多在不同高度穿插过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。除此之外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎、肛管或者肠癌和腹股沟淋巴肉芽肿等，也是形成肛瘘的病因。

　　4、内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源，肛窦炎或肛腺感染仍可继续存在，肠腔内容物也可从内口继续进入瘘管。

　　5、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发，并穿破而形成新的支管或窦道。

　　正常情况下，肛门腺不断分泌粘液，经肛门腺导管和肛门隐窝排出到直肠中，不会发生感染。当致病菌进入肛门隐窝经肛门腺导管侵入到肛门腺，如果不能自行排出就会发生感染。致病菌侵入肛门隐窝后，粪便阻塞或擦损肛门腺导管，可使肛门腺发生感染。首先表现为肛门隐窝的炎症，即肛窦炎症期。有肛门刺痛，便意感。局部检查为肛隐窝的充血，乳头红肿。炎症进一步发展，或使肛门腺形成化脓性炎症。

　　脓肿扩散一般按联合纵肌纤维走行发展，如向括约肌中隔、向下扩散，或到肛门缘皮下，形成肛缘红肿；如向贯穿内括约肌的联合纵肌纤维走行发展，或穿入外括约肌不同的高度，入坐骨直肠窝脓肿;如炎症向粘膜下发展，可形成粘膜下脓肿。脓肿破溃或切开后形成肛瘘，如不及时治疗，反复发炎，化脓，或形成很多管道，使病变复杂，形成复杂性肛瘘。